Anderson que activara el lanzamiento, ya que este murió en la sala de torturas a manos de Ocelot. Snake, ya infiltrado en el hangar donde se encuentra el Metal Gear, oye que Liquid y Ocelot ya iniciaron la secuencia del lanzamiento nuclear. Por primera vez en la serie Metal Gear, un modo de entrenamiento, llamado «Modo VR», está disponible, en el que los jugadores pueden practicar técnicas las de infiltración, el uso de armas, y el sigilo.
